Awal mula berdirinya tahun 1993 MIN 4 Kota Padng, tidak ubahnya seperti lembaga-lembaga pendidikan pada umumnya. Meski bukan lembaga pendidikan yang dananya selalu disubsidi oleh pemerintah, lambat laun sekolah ini menjadi pilihan favorit masyarakat yang ada di Kecamatan Pauh sampai ke Kecamatan tetangga. Sebelum menjadi madrasah negeri, MIN 4 adalah madrasah swasta yang berada di emperan masjid Laban. Siswa belajar di emperan masjid karena belum ada kelas. Setelah kelas bertambah pada tahun berikutnya, maka mulai kelas di emperan masjid itupun bertambah satu kelas lagi dengan memberi sekat dengan papan kayu sebagai pembatas kelas. Hal itu berlanjut sampai kelas empat. Untuk Kantor guru masih menumpang bergabung dengan kantor Madrasah Tsanawiyah Limau Manis.
Tahun berikutnya kelas bertambah menjadi 5 kelas, untuk belajar terpaksa dipinjam ruang kelas MDA yang ada di samping masjid Laban. Selanjutnya pada tahun ke enam Madrasah Ibtidaiyah swasta dijadikan negeri oleh Kementerian Agama Kota Padang tahun 1996 dengan nama MIN Koto Luar. Ruang kelas yang masih berada di emperan Masjid dan sebagian menumpang di kelas Madrasah Tsanawiyah.
Pada tahun 2003 MIN Koto Luar sudah pindah ke lokasi yang baru, yang dahulunya adalah kelas Madrasah Tsanawiyah Limau Manis. Di lokasi yang baru ini semua kelas MIN dipindahkan sehingga semua kelas MIN berada dalam satu lokasi, tidak lagi menumpang di kelas Madrasah Tsanawiyah Limau Manis dan MDA. Di tempat yang baru ini. MIN Koto Luar mulai berbenah menjadi madrasah yang maju dan diminati oleh semua masyarakat yang ada di sekitar lokasi madrasah ataupun yang berasal dari luar Kecamatan Pauh.
Alhamdulillah pada empat tahun terakhir MIN 4 Kota Padang yang sudah berganti nama sejak tahun 2017 menjadi madrasah favorit dan sudah menyeleksi siswa yang akan diterima. Dengan terpaksa menolak dua kelas setiap tahunnya karena ruang kelas yang masih terbatas . Jika dilihat dari kondisi awal berdirinya bertolak belakang dengan kondisi hari ini, guru dan pengurus yayasan dalam mencari siswa untuk belajar di MIS Koto Luar yang dibujuk dengan pakaian seragam sekolah jika mereka mau masuk. Hari ke hari banyak sekali peningkatan yang terjadi dalam pembelajaran dan juga sarana yang selalu berusaha dilengkapi.